如果因为论文题目重复等原因导致毕业论文未能及时上交，可能会影响学位授予等相关程序。具体情况需要根据各高校的规定来确定。建议及时与导师或学校相关部门联系，了解具体情况并协商解决方案。同时，要尽快重新修改论文题目，保证论文及时上交并顺利完成学业。