昆明到南京的大巴车一般情况下是卧铺，乘客可以在车上休息，舒适度较高。但是具体情况可能会因为不同的时间、车型、运营商等因素而有所不同，乘客可在购票前咨询客服或询问车站工作人员，以免出现误解。另外，乘坐长途大巴车还需注意保护好个人财物和安全，选择正规旅游公司和知名品牌的车次是非常重要的。