一般情况下，医院更换系统后，旧系统中的数据可能会被转移到新系统中，以便日后的查询与使用。

如果你在更换系统之前已经有门诊记录存档，保险公司可能仍然可以通过向医院查询或者索取相关的记录。然而，具体情况可能因医院和保险公司的政策、数据转移方式等而异。因此，最好的方式是直接向对应的医院和保险公司咨询，以确保获得准确的、针对个人情况的答案。