冬眠的时候，鳄鱼会挖出一个洞穴，藏到洞穴里面冬眠。以扬子鳄为例，冬眠时的扬子鳄会在靠近水的地方挖出一个洞穴。这种洞穴一般比水平面低一些，使得外面的水可以渗进来，和洞穴里的泥土混合在一起，这种混合成的淤泥更不容易结冰，洞穴最深处的温度也比外面更高一些。

洞穴冬眠这种方式虽然较为常见，但是并不是鳄鱼唯一的冬眠方式，在气温更低的区域，鳄鱼还有不同的冬眠方式。

当气温下降过快时，鳄鱼来不及挖穴刨洞或者附近没有合适的区域，鳄鱼有可能会选择直接漂在水里的冬眠方式。不过由于鳄鱼本身是依靠肺部呼吸的，无法长时间待在水下，所以，鳄鱼在冬眠前必须把鼻子伸出水面。

至于为什么只有鼻子在水面上，这是因为鳄鱼完全放松飘在水面上的时候其实是基本直立的形态，四肢向前伸直，好像站在水里一样。冬眠的时候，鳄鱼体温渐渐下降，身体僵硬不能移动，自然就只能保持这个身体状态了。

除了不能移动之外，被冻住的鳄鱼的新陈代谢水平也会迅速下降，身体里面的所有系统，包括消化、循环系统等都几乎停止运作，甚至连鳄鱼的免疫系统也进入休眠。控制这些系统的基因也将会做出相应的调整。这些变化能够降低热量的消耗，帮助鳄鱼度过寒冷的冬天。