x99双路主板CPU发热可能是因为以下原因：

首先，CPU负载高、运行时间长会导致CPU发热增加；

其次，散热器不良，风扇转速慢，灰尘过多也会影响CPU散热；

再次，主板电压过高、功耗过大、缺电也可能导致CPU发热异常。针对这些问题可以考虑增加散热器、清洁电脑、调整电压等方法来解决CPU发热问题。