持有申根签证的人在办理日本签证时仍然需要申请日本签证，因为日本和欧洲申根国家之间并不存在任何签证互认的协议。

因此，持有申根签证的人前往日本旅行仍然需要申请日本签证，申请流程和程序和申请其他非申根国家的签证流程类似。根据日本签证政策的规定，申请日本签证的人需要提供有效的申请材料，包括填写完整的申请表格、护照和照片等，并且需要在提出申请前进行预约。

此外，申请日本签证前，还需要确认有关日本签证政策的最新信息，包括签证要求、签证制度等，以确认自己是否符合日本签证的申请资格以及相应的申请流程和程序。