扣缴义务人申报和综合所得年度自行申报是两种不同的申报方式。扣缴义务人申报是指依法被扣缴税款的纳税人，通过单位或者经济部门向税务机关申报，并通过相关资料证明扣缴情况的申报方式。

而综合所得年度自行申报是指纳税人在每年的3月1日至6月30日期间自主申报上一财年的综合所得情况。因此，选择哪种申报方式应根据自身具体情况，如收入来源、扣缴情况等来决定。