根据保险合同的条款，如果按揭车辆发生泡水等损坏情况，理赔时通常需要先付清剩余的按揭款项。这是因为按揭车辆的所有权归金融机构所有，保险公司会将赔偿金额直接支付给金融机构，以保障其权益。

因此，车主需要先付清按揭款项，然后再向保险公司申请理赔。具体情况可能因保险合同和金融机构的政策而有所不同，建议您查阅相关合同条款或咨询保险公司和金融机构以获取准确信息。