主要区别如下：

1. 位置不同：嘉洲渡码头位于上海市浦东新区嘉洲镇，而八仙洞码头位于上海市松江区九亭镇。

2. 目的地不同：嘉洲渡码头主要服务于前往嘉定区、青浦区和嘉兴等地的游客，而八仙洞码头主要服务于前往八仙山景区以及周边的游客。

3. 码头规模不同：嘉洲渡码头比八仙洞码头更大，可以容纳更多的船只和游客。

4. 交通方式不同：嘉洲渡码头可以通过公交车、地铁、出租车等交通方式到达，而八仙洞码头需要使用公交车或出租车等方式到达。

5. 游客数量不同：嘉洲渡码头通常人流较大，而八仙洞码头人流相对较小，更适合寻求宁静的游客。