地理意义上的十六铺始于北宋天圣元年（1023年）。当时，吴凇江下游有一条支流名上海浦（即今十六铺处），岸边逐渐形成聚落，渔民、盐民、农民等常在此处交换商品，饮酒聚会。

而地名学上“十六铺”的首现，是清朝的咸丰、同治年间。为了防御太平军进攻，地方官员搞起了团练组织———将上海县城厢内外的商号建立了一种联保联防的“铺”。由铺负责铺内治安，公事由铺内各商号共同承担。