处理限期整改通知书未整改的情况需要根据具体情况来考虑。以下是一些可能的处理方式：
1. 与责任人沟通：首先，与收到通知书的责任人进行沟通，了解未整改的原因和情况。可能是因为外部影响、技术问题或其他原因导致未能按时完成整改任务。通过沟通，可以了解具体情况，并讨论解决方案。
2. 延长整改期限：如果责任人有正当的原因无法按时完成整改任务，可以考虑延长整改期限。与相关部门或上级的主管沟通，解释延长整改期限的原因，并提出合理的延期申请。
3. 追究责任：如果责任人没有正当的理由未能按时完成整改任务，相关部门可以考虑追究责任。可能采取的措施包括：发出警告函、处罚相关责任人、要求赔偿损失等。追究责任的方式需要符合法律法规和相关规定。
4. 给予帮助和支持：有时，责任人可能需要一些额外的帮助和支持才能完成整改任务。相关部门可以提供必要的支持，如技术指导、培训、资源调配等，以帮助责任人成功完成整改任务。