周转箱过滤虹吸出水效果要比三通好，原因在于虹吸过滤器可以在周转箱内部形成一定的水位差，帮助水自然流出，避免污水倒灌。而三通容易出现短路现象，影响过滤效果。此外，虹吸过滤器可以更好地过滤杂质，提高水质，而三通则对过滤效果没有太大帮助。因此，从实用性、效率、过滤效果三个角度来看，周转箱过滤虹吸出水更为合适。