如果消费者在抖音小店中选择了仅退款，但商家仍然需要其支付货款的，可以采取以下措施：

1. 与消费者协商：商家可以与消费者进行沟通，解释为什么需要其支付货款，并协商出一个双方都能接受的解决方案。

2. 拒绝退款申请：如果消费者未与商家协商一致，商家可以在平台拒绝消费者的退款申请，并说明原因。如果平台判定商家拒绝合理，将会支持商家的决定。

3. 联系平台客服：商家可以联系抖音小店的客服，寻求平台的帮助和协调，以便解决这个问题。

总之，如果遇到这种情况，商家应该采取积极的措施，与消费者和平台进行沟通和协商，以达成一个合理的解决方案。