小牧鱼并不是水母的天敌。虽然小牧鱼能够吃掉水母的某些部分，但也会被水母的刺所伤害甚至致命。此外，小牧鱼与水母之间还存在一种互利共生的关系。小牧鱼可以利用水母的残留物为食，同时也可以帮助水母分散繁殖，促进其数量的增长。因此，虽然小牧鱼与水母之间有时会存在一些互相影响的关系，但并不是典型的天敌与食物链关系。