农村交了社保和上海公司社保可能会存在冲突。一般情况下，每个人只能参加一种社会保险，不能重复参保。如果同时参加了两种社会保险，在生病就医或享受其他社保待遇时，可能会出现报销费用相互抵扣的情况，导致个人经济损失。

因此，如果在上海工作并缴纳了社保，建议暂停农村的社保缴纳，以避免出现重复参保的情况。具体情况，可以咨询当地的社保经办机构。