五指山和保亭都是海南省内以优良自然环境著称的地区，两者在负氧离子含量方面都有很高的表现。

五指山地区森林覆盖率达到86.44%，负氧离子浓度为每立方厘米5423个，最高近20000个，显著优于世界卫生组织规定清新空气1000～1500个/立方厘米的标准。而保亭地处北纬18°的热带季风气候区，年平均气温20.7℃～24.5℃，负氧离子高达每立方厘米8200个以上。

因此，从数据上看，保亭的负氧离子含量略高于五指山。然而，实际体验可能因个人感受、季节和天气等因素而有所不同。如果考虑康养旅游或其他相关活动，建议根据个人需求和偏好选择适合的目的地。