是的，惠州市职工医保定点医疗机构可以选择两家。这样的设定主要是为了方便参保人根据自己的需求和实际情况，选择适合自己的医疗机构进行就医。选择两家定点医疗机构，可以在一定程度上保障参保人在不同医疗需求下的就医便利性。
在选择定点医疗机构时，参保人可以根据自己的居住地、工作地、就医习惯等因素进行选择。例如，可以选择一家离家或工作地较近的医疗机构作为首选，以便在需要紧急就医时能够及时得到治疗。同时，也可以选择一家在专科领域具有较高医疗水平的医疗机构，以满足特定疾病或症状的就医需求。
需要注意的是，虽然可以选择两家定点医疗机构，但并不意味着可以在两家机构同时就医并享受医保待遇。具体的就医和报销规定，还需根据惠州市医保政策的具体内容来确定。因此，建议参保人在选择定点医疗机构前，先了解清楚相关的医保政策和规定，以便能够合理、有效地使用医保资源。