聊城水上古城有多个入口，其中较为常用的是东门和西门。东门位于聊城市区的东部，是水上古城的主入口，门前有广场和停车场，方便游客自驾前来。

西门则位于聊城市区的西部，是距离天台山和沂蒙山风景区较近的入口，适合游客在游玩完这些景点后前来水上古城。无论从哪个门进入，游客都可以欣赏到水上古城独特的风光和古建筑风貌，感受到浓郁的历史文化氛围。