大藤峡公司总部位于南宁，是因为南宁作为广西壮族自治区的省会城市，具有较好的地理位置和交通优势，便于公司的管理、招聘和营销等工作。此外，南宁地区的经济发展较快，与周边地区的合作也十分活跃，为大藤峡公司的发展提供了良好的条件。因此，选择在南宁设立总部，对于大藤峡公司来说是一个理性和明智的决策。