杂交水稻的遗传特性遵循孟德尔的遗传规律，其基因类型会遵循孟德尔遗传规律，即父本和母本各自贡献一半的遗传物质给下一代。在杂交水稻中，一个品种被选作母本，通常是一个优良的品种或系谱，对后代的表现主要表现在全面性状上；另一个品种被选作父本，一般是一个育种材料，对后代的表现主要表现在主效因子上。因此，杂交水稻种子中会携带来自两个亲本的基因信息，具有母本和父本两方遗传物质独特的基因组组合。

这种杂交优势现象，即杂交水稻的后代表现出比父本或母本更好的表现，得益于其自然选择中的优势基因的基础上，基因组的稳定性强。