1. 是的，合作医疗可以报销先天性疾病的治疗费用。

2. 这是因为合作医疗是一种社会医疗保险制度，旨在为参保人提供基本医疗保障。

先天性疾病是指出生时已经存在的疾病，属于疾病范围内的一种，因此在合作医疗的保障范围之内。

3. 合作医疗的报销范围包括住院费用、门诊费用、药品费用等，对于先天性疾病的治疗费用也是可以报销的。

这样可以减轻患者和家庭的经济负担，提高患者的医疗保障水平。