申请强制执行公司和法人的主要区别在于执行程序的具体流程和执行对象的性质不同。

强制执行公司主要是指对企业、个体工商户等非法人组织的执行，属于民事执行程序，具体事项由人民法院按照《中华人民共和国民事诉讼法》的规定进行处理。在执行程序中，执行的对象为企业、个体工商户等非法人组织的所有财产。

强制执行法人主要是指对公司、股份有限公司、有限责任公司等法人组织的执行，属于企业破产程序。其流程包括申请破产、破产清算、债务重组等步骤，并由人民法院指定破产管理人、组织清算或重组等事宜。在执行程序中，执行的对象为法人组织的财产，并由破产管理人进行管理和处置。

因此，对于不同的执行对象，申请强制执行公司和法人的具体操作流程和法律规定也有所不同。建议您在具体操作时，详细了解相关法律法规并寻求专业法律意见。