没有成立过国务院南水北调工程领导小组。

1979年12月，水利部正式成立南水北调规划办公室，统筹领导协调全国的南水北调工作。2003年12月28日，国务院南水北调工程建设委员会办公室正式挂牌，开始履行其政府职能。