在测量水中全碱度时，硫酸标准溶液和盐酸标准溶液的主要差异在于它们所含的酸的种类。硫酸标准溶液中含有硫酸根离子(HSO4-)，而盐酸标准溶液中含有氯化氢离子（HCl）。

在进行酸碱滴定时，硫酸标准溶液会对水样中的碱度物质进行完全的酸化反应，直到pH值下降至中性，而盐酸标准溶液只会对水样中的部分碱度物质作出反应，因为在滴定过程中pH值会已经酸化到相应的终点指示剂的变色范围内。

因此，在使用不同标准溶液进行酸碱滴定时，需要选择合适的终点指示剂进行判断是否达到了滴定终点。