芽菜的根部可以不用去掉，因为芽菜的根部富含营养，有助于增加食品的营养价值。不过，如果芽菜的根部太长或太硬，会影响口感，建议去掉。此外，如果芽菜是在水中生长的，根部可能会变得泥泞，需要清洗干净。总之，是否去掉芽菜的根部取决于个人口感和食用习惯。