功能性出生缺陷救助项目的具体申请流程可能因地区和政策不同而有所差异。一般而言，申请人需要向当地卫生部门或相关医疗机构的出生缺陷防治办公室提出申请。申请人需要提供相关医疗证明、家庭经济状况证明和身份证明等材料。