南京大学本科毕业申请麻省理工学院研究生是有一定难度的，但并非没有可能。以下是一些关键因素：

学术成绩：南京大学本科毕业生的学术成绩是非常优秀的，这有助于提升申请麻省理工学院研究生的成功率。

科研经历：麻省理工学院非常看重申请人的科研经历和创新能力。如果你在南京大学期间有参与过科研项目或者有自己的科研成果，那么会大大增加申请成功的概率。

英语水平：麻省理工学院要求申请人的托福或者雅思成绩非常高，这对于中国学生来说是一个不小的挑战。因此，你需要在英语方面下足功夫，提高口语和写作能力。

推荐信：推荐信是申请麻省理工学院研究生的重要环节。你需要寻找有影响力、与你关系密切的教授或者学者来写你的推荐信，这会大大增加你申请成功的概率。

个人陈述：个人陈述是展示你个人素质和未来规划的重要机会。你需要认真准备个人陈述，突出自己的与众不同和潜力及明确的未来规划。

总的来说，南京大学本科毕业申请麻省理工学院研究生是有一定难度的，但如果你具备优秀的学术成绩、丰富的科研经历、出色的英语水平、有力的推荐信和个人陈述，那么你就有可能成功申请到麻省理工学院的研究生。