不合法。在中国，员工离职时被要求赔偿三个月效期药品的情况是不符合法律规定的。根据中国的劳动法律法规，用人单位无权以任何形式强迫劳动者在离职时购买或承担即将过期药品的成本。若药店以此为由要求员工赔偿，属于不合理的要求。

如果遇到此类问题，员工应当拒绝，并可以向当地劳动监察大队投诉或者直接申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。同时，留存好劳动合同、工资条等相关证据，以便于在必要时证明和维权。