报销流程如下：

1、由门诊医生或住院部医生诊断开具住院证；

2、持农合证到住院收费窗口缴费并做网络登记；

3、出院时找自己的主管医师开具出院证、诊断证、住院者身份核对单；

4、凭结算发票单，农合证、身份证和户口簿原件及复印件，诊断证、住院者身份核对单、住院费用汇总清单到农合直补窗口报销，领取补助款。

新农合和医保的区别如下:

1、参保对象不同 

农村合作医疗保险的参保对象是农村户口居民，社保参保对象为在职职工或城镇居民。  

2、保障期限不同  

农村合作医疗保险是交一年保一年，社保中的医疗保险是要求持续缴纳最少15年才可以享受终身医保待遇。  

3、报销比例不同  

农村合作医疗保险报销比例较低，而社保中的医疗保险报销比例较高。  

4、有无个人医保账户  

农村合作医疗保险是没有个人医保账户的，社保中的医疗保险有个人医保账户。

5、覆盖人群不同  

农村医保只有农民才可以参加，社保是用人单位和个人缴费建立的医疗保险基金，乡镇企业以及职工、城镇个体经济组织业主及其从业人员也要纳入基本医疗保险范围内。