办理保密载体印制资质的主要步骤如下：

1.提出申请，完成申请材料的编制；

2.提交申请及相关材料，接受审查；

3.完成培训及考核；

4.设备审查，办理印制资质；

5.缴纳费用，按规定使用载体印制资质。