首先，离职赔偿赔偿协议有效。单位应对按协议约定履行义务。

其次，社保缴纳义务属于法定义务，不能通过双方协议排除法定义务。

因此，即使双方签订了离职赔偿协议并约定了全部权利义务完毕的，如果社保没有缴纳的，仍然有补缴社保的法定义务。单位应当补缴。

最后，签署协议之前已经向相关部门进行投诉，相关的管理部门应当给出处理意见。如长时间没有回复，建议主动联系一下，跟进一下进度。

单位补缴社保的义务仍然存在，可以要求补缴