农村在城市医疗报销只有50%的原因有多方面。

首先，农村地区的医疗资源相对不足，医疗设施和医生数量有限，导致农村居民在城市就医时需要支付更高的费用。

其次，农村居民的收入水平普遍较低，无法承担高额的医疗费用，因此政府只能提供部分报销。

此外，城市医疗报销涉及到城乡居民医保制度的差异，农村居民的医保政策与城市居民有所不同，导致报销比例不同。综上所述，农村在城市医疗报销只有50%是由于医疗资源不足、收入水平低以及医保制度差异等多种因素综合影响所致。