鳄龟是水栖龟，可以放较深的水里养，不会淹死的。不过鳄龟游泳能力不强，所以水不能太深了。如果是幼龟，水深控制在比龟壳3厘米高即可。如果是成体龟，在它站立时半个头部能露出水面的水深是可以的。

大鳄龟属于一种深水龟，野生的品种会生活在水比较深的地方。不过，人工养殖的品种不适合生活在非常深的水中。一般来说，可以将水位高度调节到大鳄龟的背壳高度2倍左右的地方，若是太深的话也可能会对大鳄龟造成危害。尤其是在龟苗阶段的时候，此时最好用浅水来养。随着它们体型增大，可以逐渐升高水位。