菏泽火车站北进南出的原因主要是出于地理和交通的考量。菏泽市位于山东省中部，向北通往省会济南和京沪高铁，向南通往曲阜和南部地区，因此设置北进南出的车站布局可以更好地满足来往旅客和货物的需求。

此外，北进南出的设计也符合火车线路的规划和建设，有利于整体的运输效率和线路布局。

因此，菏泽火车站的北进南出可以更好地服务于地方经济发展和旅客出行，同时也便于与周边城市和地区进行联通和交流。