在所有不超过1000的自然数中，

9出现在个位上的：9、19、29、39、……、999，每相隔10个数出现一次，共11000÷10=100(次)；

9出现在十位上的：90、190、290、……、990，每相隔100个数出现一次，每次连续有10个(90、91、92、……、99)，共1000÷10×10=100(次) ；

9出现在百位上的：900、901、902、……、999，共100次；

所以，从1到1000中所有自然数中，数字9出现了：100+100+100=300(次)。

答：数字9一共出现了300次。