平底锅做的芝士焗饭和烤箱做的芝士焗饭有一些区别，主要体现在以下几个方面：

1. 烹饪方式：平底锅做芝士焗饭是通过在炉灶上直接加热平底锅来完成的，而烤箱则是通过将食物放入预热好的烤箱中，利用热空气来进行加热和烘烤。

2. 加热方式：平底锅的加热方式是从底部传导热量到食物上，而烤箱则是通过环绕式的加热，使食物从各个方向均匀受热。

3. 温度控制：使用平底锅时，你可以直接调节火力大小来控制温度。而在烤箱中，你可以通过设置温度和时间来控制食物的加热程度。

4. 纹理和外观：由于加热方式和温度控制的差异，平底锅做的芝士焗饭可能会有不同的纹理和外观。在平底锅中做的芝士焗饭可能会有更多的焦化或者金黄色的外表，而烤箱做的芝士焗饭则可能更加均匀和蓬松。

总体而言，平底锅做芝士焗饭相对简单和灵活，适合小批量制作。而烤箱做芝士焗饭可以更好地控制温度和烘烤效果，适合大批量制作或者需要均匀加热的情况。具体选择哪种方式取决于个人喜好、厨具设备和实际情况。