海底捞直营店的利润分配方式一般按照总营业收入的一定比例来进行分配。通常情况下，总营业收入中会扣除成本、租金、员工工资等费用后剩余的金额被认为是净利润，然后根据公司制定的分配比例来分配给各个相关方。

这些相关方可能包括公司主管部门、店铺经理及员工，出资方等。

具体来说，公司会根据不同的分配标准对利润进行合理分配，并根据经营状况及时调整利润分配政策，以保障公司稳定发展和员工的合理收益。