南京撤市设区的时间是在2000年至2013年期间。具体来说，江宁县于2000年12月撤销并设立南京市江宁区；江浦县于2002年4月撤销，并与原南京市浦口区合并设立新的南京市浦口区；六合县于同年4月撤销，并与原南京市大厂区合并设立南京市六合区；溧水县和高淳县则于2013年2月撤销，并分别设立南京市溧水区和南京市高淳区。

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