清洗工厂车间螺丝保护油可采用以下方法：

温水浸泡：将螺丝浸泡在温水中，让保护油溶解。

去污剂擦拭：使用工业去污剂（如异丙醇或甲苯）沾湿布料，擦拭螺丝去除油渍。

超声波清洗：将螺丝放入装有去污剂的超声波清洗机中，利用超声波振动溶解和剥离油污。